De haven is rond 1900 ontstaan toen de Maas gegraven werd, tegelijkertijd
met het Noorder Afwateringskanaal en het bouwen van het stoomgemaal. Het gemaal is gebouwd in 1898 en in 1902 in gebruik genomen, in 1986 is het gesloopt. De haven ligt in het verlengde van het Noorder Afwateringskanaal. Vanaf die tijd is de haven gebruikt als los- en laadplaats voor zand en grind. Daarnaast werd zowel de haven als de loswal gebruikt als los- en laadplaats voor suikerbieten in het najaar. Er stond toen ook een weegbrug op, waarop onder andere de bieten dan gewogen werden.

Tijdens de Tweede Wereldoorlog is de Keizersveerse brug opgeblazen, waardoor de vaste oeververbinding naar onder andere het ziekenhuis in Raamsdonksveer was verdwenen. In de haven heeft toen tijdelijk een schip van het Rode Kruis gelegen, wat fungeerde als noodziekenhuis voor de plaatsen Hank, Dussen, Nieuwendijk, etc. Hierop zijn veel mensen verpleegd en zijn ook de nodige kinderen geboren. De eerste jaren na de oorlog is de haven gebruikt door Zand- en Grindhandel Pelicaan, welke later is overgenomen door de familie Evegaars.

Vroeger heeft er nog een winkeltje gestaan aan het haventje en lag er een ark waarop diverse levensmiddelen en andere gebruiksartikelen (bezems, zwabbers, etc) aan schippers werden verkocht. De haven was toen ook al in gebruik als jachthaven.

Op het terrein van de boerderij van familie Van Velthoven (Peerenboom 2)
was tevens een scheepswerf gevestigd waar de Peerenboom Cruiser gemaakt werd. Voor die tijd waren er ook nog enkele beroepsvissers gevestigd aan de Peerenboom met de haven als uitvalsbasis.

De haven is overgegaan van Domeinen naar Rijkswaterstaat en later naar Waterschap Alm en Biesbosch (nu Waterschap Rivierenland). Sinds 1-1-2009 is de haven in beheer van familie Van Velthoven, middels De Peerenboomse Haven B.V.